问题来了，机构改革后，各类地理标志如何发展？
来自三部委的“商标法-部门规章”混合的地理产品保护制度及保护模式，在1985-2017的33年间，在一定程度上，推动了中国地理标志产品的登记、注册、保护、管理，构建了“商标法-部门规章”混合的保护模式与保护制度，为中国地理标志产品的知识产权登记、注册、保护、管理、融入国际地理标志知识产权保护体系，做出了持续性贡献。
但三部委基本上各自为政的“商标法-部门规章”混合保护制度及保护模式，对我国的地理标志产品特别是地理标志农产品的生产经营者带来极大的困惑。三套不同的登记保护、监督管理制度导致了地理标志产品的权利属性不明、多部门执法、多部门管理摩擦等问题。
2018年国务院机构改革，将原国家知识产权局的职责、原国家工商总局的商标管理职责、原国家质监总局的原产地地理标志管理职责整合，纳入重新组建的国家知识产权局，由国家市场监督管理总局管理；
由隶属于农业农村部的中国绿色食品发展中心参与农产品地理标志有关规章制度、规划计划、政策措施的拟订及实施，负责相关质量标准、技术规范并组织实施，负责登记审查、实施登记相关检验检测工作。
机构改革使原来三部委各自为政的地理标志产品保护模式在机构设置方面得到整合与修正。但整合后的“原工商总局的中国地理标志GI”和“原质检总局的地理标志保护产品PGI”的整合方案目前尚未出台。
只有“农业部农产品地理标志AGI”保护模式依然延续。
协调三者之间的关系，形成我国新的地理标志产品保护制度与保护模式势在必行。基于地理标志产品的品牌建设，成为地理标志产品保护与发展的方向与目标。通过品牌化经营，达到进一步保护地理标志产品，提升产品品牌影响力，打造特色品牌等主张，已成相关部门的共识。
最新的地理标志专用标志使用管理办法出台了
2020年4月3日，国家知识产权局发布了“关于发布《地理标志专用标志使用管理办法（试行）》的公告（第354号）”
发文指出，根据中央、国务院《深化和国家机构改革方案》中关于统一地理标志认定的原则，依据商标法等，确定地理标志专用标志 - 中华人民共和国地理标志GI。
发文指出原相关地理标志专用标志使用过渡期至2020年12月31日。在2020年12月31日前生产的使用原标志的产品可以继续在市场流通。
但“原相关标志”是否包括原来的三个标志（GI/PGI/AGI），尚未明确。相信与此相关的管理办法会很快出台落实。
只有当地理标志农产品得到法律层面独占意义的知识产权保护，并利用系统符号构建了意义系统，利用现代传播与体验构建了新型消费关系，利用价值创造、再造、延伸产生溢价，创造品牌经济价值链，才能够说，一个地理标志农产品变成了名副其实的品牌，而且可能是强势品牌了。